Belgesel çekimi için Amazon Nehri'nde kaybolmuş bir Kızılderili kabilesini arayan yönetmen Terri Flores Jennifer Lopez, kameraman Danny Rich Ice Cube ve akademisyen Steven Cale Eric Stoltz, yolda bir yılan avcısı olan Paul Sarone Jon Voight ile karşılaşırlar. Paul'un kabileyi bulma konusunda yardımcı olabileceğini düşünen ekip, ona yardım etmeye karar verir. Yolculukları sırasında zehirli bir arı tarafından sokulan Cale, bayılır. Profesörün bayılmasını fırsat bilen Paul Sarone, ekibin ve teknenin kontrolünü ele alır. Ekip, belgesel çekimlerine ara vermek zorunda kalarak, Paul'un yıllardır peşinde olduğu ünlü yeşil Anaconda'yı yakalama hedefine ulaşmasına yardımcı olmaya çalışır.